Karotis endarterektomisi inme ve felç riskini azaltmakta etkinliği ispat edilmiş tedavi yöntemi olmasına rağmen, ameliyat sırasında felç geçirme olasılığı vardır. Bu risk yaklaşık %1-3 oranındadır. Bir diğer sorun ise boyun bölgesinde yapılan ameliyat nedeni ile boyundaki sinirlerin zarar görmesi ve bunun sonucunda ses kısıklığı, yutma güçlüğü veya dil hareketlerinde kısıtlılık oluşabilir. Bunların çoğu geçicidir. Riskler ameliyatı yapan doktorun deneyimi ile ters orantılıdır.