Hafif ağrı ve morluklar dışında skleroterapinin belirgin bir yan etkisi yoktur. Eğer skleroterapi daha büyük varislere yapılmış ise varis içinde pıhtı oluşabilir. Varis içinde pıhtı temel olarak tromboflebit ile aynı olduğu için iyileşmesi ağrılı ve zaman alıcıdır. Bu nedenle skleroterapi sonrasında varisinde pıhtı saptanan hastalarda bu pıhtı iğne yada sivri bir bistüri ile oluşturulan deliklerden çıkartılmalıdır.